L'aîné, Robert, a lui-même neuf enfants ; après la mort de sa femme, il choisit de se retirer à Port-Royal. La plupart de ses enfants entreront également en religion, dont Angélique II Arnauld, qui sera élue à son tour abbesse de Port-Royal. Seul son fils Simon Arnauld de Pomponne, ministre des Affaires étrangères de Louis XIV, aura une postérité.
L'aînée des filles, Catherine, épouse Isaac Le Maistre, dont elle se sépare après la naissance de ses enfants. Elle est la mère d'Antoine Le Maistre, l'un des premiers solitaires, de Simon Le Maistre de Séricourt qui suivra son frère aîné, et de Louis-Isaac Le Maistre de Sacy, prêtre et auteur de la célèbre traduction de la Bible dite "de Port-Royal". Mme Le Maistre entre à Port-Royal à la mort de son mari. Les autres filles d'Antoine Arnauld (dont mère Angélique et mère Agnès) seront religieuses à Port-Royal.
Antoine Arnauld est également le père d'Henri Arnauld, évêque d'Angers, et d'Antoine II Arnauld, prêtre, docteur en Sorbonne, dit le Grand Arnauld.
