Le XVI° siècle est, pour l'Eglise, un long et difficile temps de réforme, d'approfondissement dogmatique et de moralisation de la vie religieuse. Luther et Calvin échouent dans leur projet originel, qui est de réformer toute l'Eglise. A partir de 1545, le concile de Trente lance la Réforme catholique, appliquée dans les diocèses par de grands évêques comme Charles Borromée à Milan et François de Sales en Savoie.
En France, la réforme ne commence vraiment à voir le jour qu'avec la fin des guerres civiles et l'avènement d'Henri IV. Elle est portée par de grands prélats, au nombre desquels figure Sébastien Zamet. De nouveaux ordres religieux sont introduits dans les diocèses : Jésuites, Carmélites réformées, Oratoriens... Les évêques transforment en profondeur la formation des prêtres, ouvrent des séminaires. Des expériences de vie commune sacerdotale sont menées (ainsi M. Bourdoise à Saint-Nicolas du Chardonnet). Les ordres religieux plus anciens se rénovent petit à petit, sous l'impulsion d'abbesses comme Jeanne de Pourlan et Angélique Arnauld. Enfin, de nouveaux chemins de vie spirituelle s'ouvrent, auxquels on a pu donner le nom d' "Ecole française de spiritualité". Le principal artisan de cet élan spirituel est le cardinal de Bérulle, qui fonde l'Oratoire de France et introduit le Carmel grâce à sa cousine Mme Acarie. Bérulle fera de l'abbé de Saint-Cyran son plus proche collaborateur.