L'abbaye de Tart est fondée en 1132 et s'installe aux environs de Cîteaux ; elle devient la première maison de cisterciennes et entraîne dans son sillage dix-huit autres abbayes.
En 1623, quelques religieuses, à la suite de l'abbesse Jeanne de Pourlan, déménagent pour s'installer à Dijon. L'évêque Sébastien Zamet acquiert pour elles un terrain sur lequel elles édifient un nouveau monastère. Quelques années plus tard, l'abbaye originelle est détruite par les troupes allemandes du général Gallas ; seules subsistent les religieuses installées à Dijon. Une église baroque est construite au début du XVIII° sur les plans de l'architecte oratorien Trestournel.
A la révolution française, les religieuses sont chassées et l'abbaye devient successivement hospice, école d'infirmière et enfin musée.
